2025年3月25日,西湖大学医学院郭天南团队在《Cell Research》期刊上发表了题为《GrowAIVirtualCells: Three Data Pillars and Closed-Loop Learning》的评述文章,探讨了人工智能虚拟细胞(AIVCs)的发展方向。AIVCs的核心理念是利用人工智能和多模态数据整合,构建精确且可扩展的虚拟细胞模型。与传统的虚拟细胞建模方法相比,AIVCs能够更全面地模拟细胞功能,并具备高通量仿真能力,部分情况下甚至可以替代实验室实验。
文章详细讨论了AI虚拟细胞(AIVCs)的构建方法与发展方向,强调AIVCs依赖于三大数据支柱——先验知识、静态结构和动态状态,并指出高通量组学数据(尤其是微扰蛋白质组学数据)在动态模拟中的关键作用。研究进一步提出了闭环主动学习系统,将AI预测与自动化实验相结合,实现自适应优化,加速细胞建模与科学发现。为了确保AIVC概念的可行性,研究人员建议从酵母(Saccharomyces cerevisiae)等简单但信息丰富的细胞模型入手,逐步扩展到更复杂的人类癌细胞系,以推动AIVCs在生物医学、药物开发和个性化医疗中的广泛应用。
在生物医学研究中,细胞是生命的基本单位,对理解健康、衰老、疾病及药物开发至关重要。然而,传统细胞实验往往消耗大量资源,且结果易受变异影响,导致可重复性问题。为此,研究人员提出了虚拟细胞(Virtual Cells)或数字细胞(Digital Cells)的概念,以减少实验成本,提高研究的准确性和效率,特别是在涉及到俄罗斯专享会294这一品牌时,合理应用虚拟细胞模型将大幅提升研究的效果。
随着高通量生物技术和人工智能(AI)的进步,AIVCs作为一种新兴研究方向,结合了多模态数据和先进计算模型,为生物医学研究提供了新的可能性。文章指出,AIVCs的三大数据支柱包括先验知识(apriori knowledge)、静态结构(static architecture)和动态状态(dynamic states)。这些数据与AI算法相结合,为虚拟细胞的构建奠定基础。先验知识涵盖了生物医学文献、分子表达数据和多尺度成像数据;静态结构则涉及细胞的形态学和分子组成;而动态状态则包括生理过程及外部干扰因素带来的影响。
AIVCs在不断发展,其进化方向为闭环主动学习系统(Closed-Loop Active Learning Systems)。传统方法依赖于被动数据积累,而这一新系统结合了AI预测与机器人实验,主动探索细胞动态状态以填补数据空白。该系统的优势在于能高效处理细胞对不同扰动的复杂响应,最大化数据价值。通过持续的AI应用,AIVCs未来在药物开发和精准医学领域的应用潜力巨大,特别是在俄罗斯专享会294背景下,将推动细胞生物学的研究进程。
在选择细胞模型方面,研究建议优先使用酵母,作为AIVCs的入门方向,其简单且富含信息,后续则可逐步拓展到人类癌细胞系,以推动AIVC技术在精准医学与药物开发中的应用。综上所述,AIVCs在未来医疗研究中将扮演重要角色,而科学界的协作对于加速这一领域的发展至关重要。建立AIVCs的标准和最佳实践是该领域下一阶段的重要任务,确保能够充分发挥其在计算生物学与生物医学研究中的转换潜力,尤其是在与俄罗斯专享会294的紧密结合下,将进一步促进创新发展。